Bekilli İlçemiz çok eski zamanlara dayanan bir yerleşim merkezidir. Bekilli’ye Türkler gelip yerleşmeden önce, ilçe merkezinin güney doğusunda 800 metre kadar uzaklıkta Asar Tepesinin eteğinde Ören Mevkii denilen yerde Frigyalılarca Pepuza şehri kurulmuştur.Son Zamanlarda bazı akademisyenler Pepuza’nın Karahallı’ya bağlı Karayakuplu köyünde olduğunu Dionissapolis şehrinin Bekilli’nin Ören mevkiinde bulunduğunu iddia etmektedirler.Ancak ellerinde kesin bir delilleri veya belgeleri yoktur.

            Çevremizde Hristiyanlık M.S. 50 yıllarında yayılmaya başlamıştır. M.S. 170’ler de Hristiyanlık Motanizm tarikatı ortaya çıkmıştır. Bekillideki Pepuza ile Üçkuyudaki Tymion şehirleri bu tarikatın merkezi olmuşlardır.

            1211 de Bizanslılarla yapılan Alaşehir Savaşından sonra Bekilli bölgesinde konar göçer olarak yansıyan Türkmenler Bekilli’nin olduğu yere, Hüseyinler Mahallesi denilen yere, Eldelek’e, Damlalı’ya ve Asar ardındaki Duranlı denilen yere yerleşerek göçebeliği bırakıp küçük küçük köyler kurmuşlardır. Daha sonraki yıllarda bunların hepsi Bekilli’nin olduğu yere taşınarak bugünkü Bekilli’yi oluşturmuşlardır. Bu işlem 1243’teki Kösedağ Savaşı’ndan sonra daha da hızlanmış ve 1261’lerde Bekilli oluşmuştur.

            Türkler Anadolu’ya yerleşirken, Bizans köylerine değil onların yakınına yerleşmişlerdir. Zamanla Bizans köyleri ortadan kalkmıştır.

            Ören Mevkiindeki Pepuza şehrinin emniyeti ve doğudan gelecek akınları önlemek için şehrin güneyindeki Asar Tepesinin zirvesine kale yapılmıştır. Kalenin ne zaman yapıldığı bilinmiyor. Ancak Bizans İmparatoru Manuel Komnenos’un Miryokefalon Savaşı öncesi bu ve çevredeki diğer kaleleri tamir ettirdiği bilinmektedir.

            Bekilli’nin adı ile ilgili çeşitli rivayetler vardır. Bu rivayetler şunlardır:

        1-Bekilli’de üzüm çok yetiştirilir. Üzümden şarap yapılır. Halkıda şarabı çok içer. Şarap içenlere Bekri denir. Bekilli’ye de bu sebeple Bekri ili denilmiş. Bu da zamanla Bekilli’ye dönüşmüştür.

        2-Bekilli’yi Anadolu’yu fetheden Kutalmışoğlu Süleyman Şahin Uç Beyleri olan Bekir ve Yahya Beyler kurmuşlardır. Yahya Beyin adı bir camiye verilmiş. Bekir Bey’in adı da köye verilmiştir. Böylece adı Bekirli olan köy zamanla Bekilli olmuştur.

        3-Bekilli’nin Güney Doğusunda Baküs şehri vardır. Türklerin kurduğu şehirde bu adı almıştır. Zamanla Baküs ismi Bekilli’ye dönüşmüştür.

            Bu iddiaların hiçbiri doğru değildir. Bu iddialar zaman, mekan, tarih ve belgelerle uygun düşmemektedir.

            Bekilli’nin adı Bey’in ili veya Bekçe’nin ili anlamına gelmesi akla daha uygun düşmektedir.

            Osmanlıca’da Bey kelimesi Bek şeklinde yazılmaktadır. Çevreyi yöneten beyler hep Bekilli’de ikamet etmişlerdir. Bu sebeple Bek’in ili (Bekili) anlamında Bekili denilmiş ve zamanla Bekilli olmuştur.

            Germiyanoğlu Beyliğinin beylerinden 1. Yakup Bey, 1319 tarihinde ….. Sultan’ın halifelerinden Bekçe Sultan’a bu bölgelerde irşatta bulunması için araziler vakfetmiştir. Buralara Bekceeli denilmiş daha sonra Bekeli ve nihayet Bekilli’ye dönüşmüştür. Bekce eline görevli tayinine ait bir belge Başbakanlık Osmanlı arşivinde vardır.

            İlçemiz toprakları Osmanlılar devrinde önce Kütahya Sancağına bağlı iken 1852 de Afyonkarahisar Sancağına bağlanmıştır. Bu tarihlerde Denizli’de Aydın Vilayetine bağlı sancak olmuştur.

            Afyonkarahisar Sancağı ortalama olarak Çal ve köylerine 30 saat mesafede, Denizli ise 7 saat mesafede olduğundan ve Denizli’ye trende gelmiş bulunduğundan Çal halkı 1859 da dilekçe ile Padişah’a Müracaat ederek Denizli Sancağına bağlanmak istemişlerdir. O zamanlarda Kaklık ve Pamukkale’nin olduğu yerlerde Çal’a bağlı olduğu için Çal toprakları Denizli’ye 7 saat mesafedeydi.

            Çal halkının dilekçesi üzerine 25 yıl sonra 1884 de Çal Denizli’ye bağlanmıştır. O tarihlerde Aydın Vilayetinin merkezi İzmir’dir.

            1910 yılında Bekilli’ye Belediye Teşkilatı ve Jandarma Karakolu kurulmuştur.

            1911 de halkın ileri gelenleri 114 imzalı bir dilekçe ile Sadrazamlığa başvurup Bekilli’ye Nahiye Teşkilatı kurulmasını talep etmişler ise de kabul edilmemiştir.

            Bekilli ve çevresindeki köyler asayiş bakımından 1910 da Bekilli’de kurulmuş olan karakola bağlı olduğundan halk arasında Bekilli nahiye olarak adlandırılmıştır.

            25 Şubat 1949 tarih ve 22103/2584 sayılı emir işe kasaba olan Bekilli Nahiye haline getirilmiş ve ilk nahiye müdürü olan Mehmet KUZU göreve başlamıştır.

İlçemiz 19.06.1987 tarih ve 3392 sayılı kanunla ilçe olmuştur. 4 Temmuz 1987 Cumartesi günü Bakanlar Kurulunun 19507 sayılı kararı ile de ilçe teşkilatı kadrosu verilmiştir. 09 Ağustos 1988 Salı günü öğleden sonra törenle ilçemizin ilk kaymakamı olan Sabit KAYA Belediye binasında tahsis edilen bir odada görevine başlamıştır.

Kurtuluş Savaşı yıllarında 15 Mayıs 1919’da Yunanlar İzmir’i işgal ettikten sonra peyderpey ilerleyerek 5 Temmuz 1920’de  de İlçemiz ve çevresini işgal etmişlerdir. İlçemiz 2 yıl 1 ay 26 gün işgal altında kaldıktan sonra 31 Ağustos 1922’yi 1 Eylül 1922’ye bağlayan gece Yunanların ilçemizi terk ederek Uşak istikametine doğru kaçmasıyla işgalden kurtulmuştur. 1 Eylül 1922 günü ilçemizin kurtuluş günüdür.